臨高南站位于西線高速博厚互通附近，車站緊鄰臨海路東側約500m處設置，為本線中間站。車站中心里程K52+131.140，北距福山鎮站16.8km，南距銀灘站29.7km，車站設到發線4條，按“兩臺夾4線”布置，車站三亞端設綜合維修車間1座。設旅客進、出站地道一座，有站臺柱鋼筋混凝土雨棚。為線側平式站房，站房總建筑面積4000m2。
臨高南站站房采用三組坡屋頂山巒疊峰，空間層次豐富，細膩優美，并在建筑細節處融入當地傳統建筑元素，體現了臨高“全國民間藝術之鄉“的特點。站房為鋼筋混凝土框架結構，基礎形式為獨立基礎。